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Atelier 5 - Coronavirus et protéines...

Depuis le mois de décembre 2019, un nouveau coronavirus a commencé à infecter l'homme: c'est le début d'une pandémie.

Ce coronavirus est appelé "Severe Acute Respiratory Syndrome-related Coronavirus 2" (SARS-CoV-2).
Il est responsable de la maladie appelée Coronavirus disease-19 (COVID-19).

C'est le début d'une incroyable course contre la montre pour trouver des traitements et des vaccins, le tout en s'appuyant sur des années de recherche !

"We are learning so much, so fast !" E. Hodcroft

Publication: Using bioinformatics to hunt SARS-CoV-2, its variants & its origins – a practical guide (2021)

Pour commencer:

un atelier (dès 11 ans) proposé pour les Mystères de l'UNIL 2021: "la chasse aux variants du coronavirus"

une histoire et un atelier (dès 11 ans) sur le site LightOfEvolution.org: "Chasse aux variants"

Pour aller plus loin (dès 15 ans) : les liens ci-dessous donnent accès aux différents chapitres d'un document pdf.

1. Introduction (p.2)

• C'est quoi un virus ?
• Vidéo: C'est quoi un virus ?
• Des virus qui infectent l'homme
• Vidéo: Pourquoi certains virus rendent malades ?
• SARS-CoV-2 et les autres coronavirus
  

2. Le génome de SARS-CoV-2 (p.15)

• Activité: découvrir le génome de SARS-CoV-2

3. Détection du virus: à propos du test RT-PCR (p.18)

• Activité: tester la spécificité du test RT-PCR

4. Les génomes de SARS-CoV-2 (p.27)

• Activité: comparer les génomes de SARS-CoV-2 provenant de diverses régions du monde et trouver les différences (mutations)

5. Les protéines de SARS-CoV-2 (p.34)

• Activité: découvrir les protéines de SARS-CoV-2

6. La protéine Spike (p.37)

• Fonction
• Vidéo: Comment le virus pénètre dans les cellules humaines?
• Bande dessinée: Entrez donc!
  

• Du gène à la protéine
• Activité: traduire la séquence du gène Spike en séquence de protéine
• A propos des vaccins à ARN.

7. Spike et les mutations (p.48)

• Du gène à la protéine
• La mutation N501Y
  
• Les mutations et les variants Alpha, Beta, Gamma, Delta, Omicron....

8. Spike: de la séquence à la structure 3D (p.53)

• Activité: faire le lien entre une séquence d'acide aminé et la structure 3D d'une protéine
• Activité: localiser la mutation N501Y dans la structure 3D
  
• Comprendre l'impact d'une mutation sur l'infectivité du virus ou sa capacité à échapper à notre système immunitaire

9. A la recherche de l'origine de SARS-CoV-2 (p.64)

• Activité: comparer la protéine Spike du coronavirus de la civette, du pangolin et de la chauve-souris

10. A la recherche d'un traitement (p.74)

• Comprendre comment 'marche' un médicament ou le vaccin
• Vidéo: Médicaments ou vaccins ?
Remarque: cette vidéo date du 10 août 2020, avant l'arrivée des vaccins ARN

11. Un exemple de recherche menée au SIB Institut Suisse de Bioinformatique (p.82)

• Activité: refaire les démarches scientifiques des chercheurs du SIB

12. SARS-CoV-2 et HIV: un exemple de fake news ? (p.96)

• Activité: rechercher des séquences de HIV dans le génome de SARS-CoV-2

Cet atelier est issu d'une collaboration entre L'éprouvette, laboratoire public de l'Université de Lausanne (Service Culture et Médiation Scientifique) et le groupe Swiss-Prot - SIB Swiss Institute of Bioinformatic
Certaines activités sont issues de discussions pédagogiques et didactiques en lien avec le projet Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement (F. Lombard).
Merci également à P. Le Mercier pour le contenu scientifique et à L. Guérin (Ecole Jeanine Manuel, Paris)  (https://guerinsvt.jimdofree.com/ & https://guerinsvt.jimdofree.com/coronavirus/)





        Nous contacter...

        Cet atelier est prévu pour être animé dans les classes (pdf) ou virtuellement: n'hésitez pas à nous contacter  !
• outreach@sib.swiss
• Scienscope (UNIGE) / Infoscope (Corona online)

En savoir plus sur nous...

• Vidéo du SIB Institut Suisse de Bioinformatique (2018)

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