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Atelier 5 - Coronavirus et protéines...
Ce coronavirus est appelé "Severe Acute Respiratory Syndrome-related Coronavirus 2" (SARS-CoV-2).
Il est responsable de la maladie appelée Coronavirus disease-19 (COVID-19).
C'est le début d'une incroyable course contre la montre pour trouver des traitements et des vaccins, le tout en s'appuyant sur des années de recherche !
"We are learning so much, so fast !" E. Hodcroft
Publication: Using bioinformatics to hunt SARS-CoV-2, its variants & its origins – a practical guide (2021)
Pour commencer:
un atelier (dès 11 ans) proposé pour les Mystères de l'UNIL 2021: "la chasse aux variants du coronavirus"
une
histoire et un atelier (dès 11 ans) sur le site
LightOfEvolution.org: "Chasse aux variants"
Pour aller plus loin (dès 15 ans) : les liens ci-dessous donnent accès aux différents chapitres d'un document pdf.
1. Introduction (p.2)
- C'est quoi un virus ?
- Des virus qui infectent l'homme
- SARS-CoV-2 et les autres coronavirus
2. Le génome de SARS-CoV-2 (p.15)
- Activité: découvrir le génome de SARS-CoV-2
3. Détection du virus: à propos du test RT-PCR (p.18)
- Activité: tester la spécificité du test RT-PCR
4. Les génomes de SARS-CoV-2 (p.27)
- Activité: comparer les génomes de SARS-CoV-2 provenant de diverses régions du monde et trouver les différences (mutations)
5. Les protéines de SARS-CoV-2 (p.34)
- Activité: découvrir les protéines de SARS-CoV-2
6. La protéine Spike (p.37)
- Fonction
- Vidéo: Comment le virus pénètre dans les cellules humaines?
- Bande dessinée: Entrez donc!
- Du gène à la protéine
- Activité: traduire la séquence du gène Spike en séquence de protéine
- A propos des vaccins à ARN.
7.
Spike
et les mutations (p.48)
- Du gène à la protéine
- La mutation N501Y
- Les mutations et les variants Alpha, Beta, Gamma, Delta, Omicron....
8.
Spike:
de la séquence à la structure 3D (p.53)
- Activité: faire le lien entre une séquence d'acide aminé et la structure 3D d'une protéine
- Activité: localiser la mutation N501Y dans la structure 3D
- Comprendre l'impact d'une mutation sur l'infectivité du virus ou sa capacité à échapper à notre système immunitaire
9. A la recherche de l'origine de SARS-CoV-2 (p.64)
- Activité: comparer la protéine Spike du coronavirus de la civette, du pangolin et de la chauve-souris
10.
A
la recherche d'un traitement (p.74)
- Comprendre comment 'marche' un médicament ou le vaccin
- Vidéo: Médicaments ou vaccins ? Remarque: cette vidéo date du 10 août 2020, avant l'arrivée des vaccins ARN
11. Un exemple de recherche menée au SIB Institut Suisse de Bioinformatique (p.82)
- Activité: refaire les démarches scientifiques des chercheurs du SIB
12. SARS-CoV-2 et HIV: un exemple de fake news ? (p.96)
- Activité: rechercher des séquences de HIV dans le génome de SARS-CoV-2
- outreach@sib.swiss
- Scienscope (UNIGE) / Infoscope (Corona online)
- This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Cet atelier est issu d'une collaboration entre L'éprouvette, laboratoire public de l'Université de Lausanne (Service Culture et Médiation Scientifique) et le groupe Swiss-Prot - SIB Swiss Institute of Bioinformatic
Certaines activités sont issues de discussions pédagogiques et didactiques en lien avec le projet Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement (F. Lombard).
Merci également à P. Le Mercier pour le contenu scientifique et à L. Guérin (Ecole Jeanine Manuel, Paris) (https://guerinsvt.jimdofree.com/ & https://guerinsvt.jimdofree.com/coronavirus/)
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Cet atelier est prévu pour être animé dans les classes (pdf) ou virtuellement: n'hésitez pas à nous contacter !En savoir plus sur nous...
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