Atelier 5 - Coronavirus et protéines...

Depuis le mois de décembre 2019, un nouveau coronavirus a commencé à
infecter l'homme: c'est le début d'une pandémie.
Ce nouveau virus est appelé "Severe Acute Respiratory Syndrome-related
Coronavirus 2" (
SARS-CoV-2).
Il est responsable de la maladie appelée Coronavirus disease-19 (
COVID-19).
C'est aussi le début d'une incroyable course contre la montre pour trouver
des traitements et des vaccins, le tout en s'appuyant sur des années de
recherche !
Objectifs:
- découvrir les virus et SARS-CoV-2
- découvrir des banques de données - GenBank (ADN),
UniProtKB (protéine),
PDB (structure 3D), Viralzone
- découvrir des outils bioinformatiques (Blast,
BLAT, align,
translate)
- mieux comprendre les démarches scientifiques des recherches en
cours... et les défis !
Prérequis:
1.- Introduction
-
Des virus ?
-
Des virus
qui infectent l'homme ?
-
SARS-CoV-2
et les autres coronavirus
2.- Le génome de
SARS-CoV-2
-
Le génome de SARS-CoV-2
-
Activité: comparer les génomes de SARS-CoV-2 provenant de différentes
régions du monde...
-
La
spécificité du test PCR
-
Activité: tester la spécificité des amorces utilisées pour la PCR...
3.- Les protéines de
SARS-CoV-2
-
Du génome
aux protéines...
-
La
protéine Spike de SARS-CoV-2
-
Activité: traduire la séquence du gène en séquence de protéine
-
Activité: de la séquence à la structure 3D de la protéine
-
Comment
le virus pénètre dans les cellules humaines ?
4.- A la recherche de
l'origine de SARS-CoV-2
-
Les
coronavirus infectent d'autres mammifères
-
Activité: quel coronavirus est le plus similaire à SARS-CoV-2 ?
-
Activité: comparer la protéine Spike du coronavirus de la civette, du pangolin, de la
chauve-souris, ...
5.- A la
recherche d'un traitement
-
Médicaments
ou vaccins ?
6-
SARS-CoV-2 et HIV
-
Un exemple
de fake news
-
Activité: chercher des séquences de HIV dans le génome de SARS-CoV-2
7 -
Dernières nouvelles
-
A propos
des vaccins à ARNm (BioNTech/Pfizer et Moderna)
-
A propos
du variant anglais (B.1.1.7)
-
A propos
du variant Sud Africain (501Y.V2)
-
A propos
du variant brésilien (P1, P.1 ou P.1.1.28.1)
Nous contacter...
Cet atelier est issu d'une collaboration entre
L'éprouvette,
laboratoire public de l'Université de Lausanne (Service Culture et Médiation
Scientifique) et le groupe
Swiss-Prot - SIB Swiss Institute
of Bioinformatics
Cet atelier est prévu pour être animé dans les classes ou virtuellement:
n'hésitez pas à nous contacter !
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