Atelier 7 - Portrait-robot 'bioinformatique' de la titine
Les protéines sont composées en moyenne de 300 acides aminés: la titine,
une protéine du muscle, en contient 34'350 !
La dimension extrême de la titine a donné du fil à retordre aux
bioinformaticiens. Pourquoi? Lorsqu'on a voulu dresser une sorte de
"portrait-robot" de la titine (calcul du nombre d'acides aminés, du poids,
du nombre d'atomes, régions répétées...), les programmes informatiques
existants - conçus pour analyser des protéines de taille "standard" -
étaient incapables de gérer une aussi grande protéine. Et lorsqu'on
introduisait la séquence en acide aminé de la titine dans ces programmes,
ils se plantaient tout simplement !
Portrait-robot 'bioinformatique' de la titine. Quels programmes
résistent à la taille de ce colosse ?
Voici la
séquence
en acides aminés de la titine (copier / coller dans le différents
programmes)
- Colorier la séquence en acide aminés de la titine à l'aide du
programme 'ProteinColourer'
- Passer du code à 1 lettre au code 3 lettres des acide aminé: One to
Three
- Reverse-translate
la séquence de la titine (séquence en acide aminé -> séquence ADN)
(max 20'000 caractères !!!)
- Localiser
le gène de la titine (TTN) sur le chromosome 2
- Visualiser la structure
3D de la titine
- Découvrir quelques caractéristiques biochimiques de la titine avec le
programme 'Protparam'
- Digérer virtuellement la titine (notre estomac le fait pour de vrai
grâce à l'enzyme Trypsine):
'Peptidecutter'
- La titine dans la banque de donnée de protéines UniProtKB
Pour nous contacter...