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Découvrez des outils bioinformatiques incontournables

Une petite mise en bouche - Activité BLAST - ADN / Activité BLAST - protéines

Notre exposition virtuelle www.chromosomewalk.ch


Activité 1: Comparaison de séquences


 

Il était une fois un gène qui influence la qualité de notre cire d'oreille - humide ou sèche...

Voici un morceau de la séquence ADN de ce gène, chez 2 athlètes différents:
>Seq1
tgatccaaagcttacggagtcgcttagatgagaacaccatccctccactgtcagtccatg
atgcctcagacaaaaatgtccaaaggcttcaccgcctttgggaagaagaagtctcaaggc
gagggattgaaaaagcttcagtgcttctggtgatgctgaggttccagagaacaaggttga
ttttcgatgcacttctgggcatctgcttctgcattgccagtgtactcgggccaatattga

>Seq2
tgatccaaagcttacggagtcgcttagatgagaacaccatccctccactgtcagtccatg
atgcctcagacaaaaatgtccaaaggcttcaccgcctttgggaagaagaagtctcaaggc
gagggattgaaaaagcttcagtgcttctggtgatgctgaggttccagagaacaaggttga
ttttcgatgcacttctgggcatctgcttctgcattgccagtgtactcaggccaatattga

Questions:


Approche bioinformatique: Construire un alignement des 2 séquences
Copier/coller les 2 séquences (inclue la ligne '>Seq') dans l'outil d'alignement et cliquer sur l'icône 'align', puis sur 'Similarity' (colonne à droite)

Activité 2: BLAT - ADN


Voici un morceau de la séquence ADN du gène qui influence la qualité de notre cire d'oreille - humide ou sèche...
ttttcgatgcacttctgggcatctgcttctgcattgccagtgtactcaggccaatattga 

Questions:


Approche bioinformatique: Faire un 'BLAT' contre le génome humain
Copier/coller la séquence et cliquer sur 'submit', puis cliquer sur 'browser'

Approche bioinformatique (pour les experts): Faire un 'BLAT' contre le génome humain
Copier/coller la séquence et cliquer sur 'submit', puis cliquer sur 'browser', comme précédemment
Puis, dans la section 'Variations and repeats', sélectionner Common SNPs(135) 'full' et Genome variants 'full': cliquer sur 'refresh'.
Les variations répertoriées dans différentes populations sont maintenant visibles, comme la variation g -> a, qui est associée avec une cire d'oreille sèche, que l’on retrouve surtout en Asie et dans la population japonaise.


Info technique: BLAT est un outil bioinformatique qui permet de comparer une séquence ADN avec la séquence entière d'un génome (soit un texte de 3 milliards de lettres pour le génome humain)et de retrouver, si elle existe, celle qui lui ressemble le plus, en quelques secondes. On peut ainsi rapidement retrouver sur quel chromososome se trouve une séquence ADN donnée.


Activité 3: TRADUCTION ADN -> protéine


 
Eero Mäntyranta, un athlète finlandais, a obtenu une médaille d’or de ski de fond aux Jeux Olympiques d’hiver de 1964.
Il avait un taux particulièrement élevé de globules rouges, mais il n'était pas dopé!
Les chercheurs ont découvert qu'il avait 'simplement' une mutation dans le gène appelé EPOR.

Voici un morceau de la séquence ADN du gène EPOR 'muté'. La mutation est associée avec un taux élevé de globules rouges.
...tcc gat ggc ccc tac tcc aac cct tct gag aac agc ctt atc cca... 

Question:

 

Approche bioinformatique: Copier/coller la séquence ADN dans l'outil 'Translate'
Choisir l'output format 'compact ("M", "-", no spaces)' et cliquer sur 'Translate sequence'
Info:
Plusieurs résultats sont visibles, car il est possible de traduire une séquence ADN en commençant à la première lettre (5'3' Frame 1)
tcc gat ggc ccc tac tcc aac cct tat gag aac agc ctt atc cca

...en commençant à la seconde lettre (5'3' Frame 2)
ccg atg gcc cct act cca acc ctt atg aga aca gcc tta tcc ca

...en commençant à la troisième lettre (5'3' Frame 3)
cga tgg ccc cta ctc caa ccc tta tga gaa cag cct tat ccc a

...ou en lisant la séquence à l'envers (3'5' Frame 1, 2 ou 3)

Activité 4: BLAST - Protéine


Voici la séquence en acide aminé d'un morceau de la protéine EPOR 'normale', qui joue un rôle important dans la production des globules rouges:
S D G P Y S N P Y E N S 

Question:


Approche bioinformatique: Faire un 'BLAST' contre une banque de données de protéines, UniProtKB
(copier coller la sequence dans la boîte 'Sequence', puis cliquer sur le bouton 'BLAST')

Info technique: BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est un outil bioinformatique qui permet de comparer la séquence d'une protéine avec des millions d'autres séquences contenues dans les banques de données et de retrouver, si elles existent, celles qui lui ressemblent le plus, en quelques secondes. On peut ainsi rapidement savoir si une protéine existe dans une espèce donnée, ou identifier une séquence inconnue.



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